PD-L1(CD274, B7-H1)은 T세포의 PD-1 에 결합해 면역 회피를 일으키는 막단백질이다.
이 캠페인은 IgV 도메인의 GFCC′ 면을 막는 미니바인더를 찾는다.
구조 준비 (B 단계)
- 결합에 쓰는 것은 세포외 IgV 도메인 19-127 뿐이다. 막통과·세포질은 잘라낸다.
- 참조 구조: PD-L1/구조/4ZQK — Structure of the complex of human programmed death-1 (PD-1) and its ligand PD-L1.
- 분해능 2.45 Å, 방법 X-RAY DIFFRACTION
자동 점검 결과
- UniProt 도메인 2개 중 가장 큰 것(Ig-like V-type 19-127)을 domain_range 초기값으로 넣었습니다. 실제로 결합시킬 세포외 도메인이 맞는지 확인하세요.
- 막통과 구간이 1개 있습니다(239-259). 세포외 도메인만 남기고 자르세요.
에피토프·핫스팟 (C 단계)
핫스팟은 A54, A56, A115, A121, A123 로 잡았다. 용매에 노출돼 있고, PD-1 접촉면 안에 있으며, 한 점에 몰리지 않고 작은 패치를 이룬다.
글리칸 자리(N35, N192, N200, N219)가 에피토프를 가리지 않는지 구조에서 확인했다.